Michel Brun partage son activité entre la flûte traversière et la direction d’orchestre. (A la flûte il a en particulier participé à l’Ensemble Pythagore, spécialisé dans la musique contemporaine, et a enseigné au Conservatoire de Toulouse.)
En tant que chef d’orchestre il a dirigé de nombreux opéras (de Mozart, Gluck, Donizetti, Offenbach), et a fondé en 1998 l’Ensemble Baroque de Toulouse, spécialisé dans la musique ancienne sur instruments d’époque.
Michel Brun se distingue par sa préoccupation de médiateur et transmetteur, cherchant à chaque concert à accompagner le public vers une connaissance approfondie des oeuvres. C’est ainsi qu’il a créé le festival Passe ton Bach d’abord ! et le projet Cantates sans filet, visant à donner l’intégrale des 200 cantates de Bach sous forme d’une répétition publique commentée.
Il a été invité (par l’Académie Bach d’Aix en Provence, le festival Bachcelona, ainsi que), durant plusieurs années, par l’Orchestre Victor-Hugo-Franche-Comté pour un projet autour des Cantates de Bach.
